"Der Gemeinderat führt die Gemeinde, plant deren nachhaltige Entwicklung und koordiniert die Geschäfte" (Artikel 9 ff Organisationsreglement mit Organisationsverordnung). Es ist Aufgabe des Gemeinderats (Exekutive), die Gemeinde Wynau gegen Aussen zu vertreten und die Geschäfte der Gemeindeversammlung vorzubereiten. Der Gemeinderat führt die Gemeinde strategisch. Die Finanzkompetenz des Gemeinderats umfasst maximal CHF 5'000.00 für wiederkehrende, bzw. CHF 400'000.00 für neue Ausgaben, wobei Ausgaben ab CHF 100'001.00 dem fakultativen Referendum unterliegen.

Der Gemeinderat besteht in Wynau aus dem nebenamtlichen Gemeindepräsidenten und vier nebenamtlichen Gemeinderatsmitgliedern. Die Wahl erfolgt alle vier Jahre. Die derzeitige Amtsperiode endet am 31. Dezember 2022.